本次修法擬修正之幅度較大，其中包含了：
1. 經濟部智慧財產局將設立專責審議專利救濟案件之獨立案件。
2. 專利案件救濟程序之變革。
而上述的變革最主要係確保專利權之安定性，同時兼顧救濟時效，明確規範如不服專利專責機關之審議結果者，能夠免經訴願程序逕提訴訟，並由現行行政訴訟程序改為民事訴訟程序，明確規範當事人增加新證據或更正的時限，以提升訴訟效率。
現行制度
現行發明專利案審查及行政救濟流程如下：
(圖片來源：經濟部智慧財產局https://www.tipo.gov.tw/tw/cp-56-802499-1c58f-1.html )
一般申請人在提出發明專利申請經初審的實體審查後會有二個結果，一是核准，核准後申請人可以在3個月內繳納證書費及年費即可核發證書並使其公告，另一結果則是核駁，在核駁審定書送達後2個月內可提出再審查申請。
申請人在再審查程序中，如專利核准，則申請人可以在3個月內繳納證書費及年費即可核發證書並使專利公告，按目前的實務上，於再審審查時若審查委員仍有疑慮時，多會提出審查意見通知請申請人提出申復，若申請人提出申復後仍無法克服審查意見時才會進行核駁。如專利於再審階段無法克服不予專利之事由，申請人能夠在核駁審定書送達後30日內提出訴願。
以實務經驗來看，申請人通常在提出訴願後多被駁回，以近幾年5%左右的撤銷率而言，實少有案例能夠在訴願階段成功撤銷原處分，然而，行政處分的撤銷訴訟，原則上皆必須先經過訴願程序才能提起，依據行政訴訟法第4條第1項規定：『人民因中央或地方機關之違法行政處分，認為損害其權利或法律上之利益，經依訴願法提起訴願而不服其決定…』因此，實務上申請人明知訴願難以成功，卻為了能夠提起後續的行政訴訟而必須為之，除此之外，訴願審議委員會在審理時須耗費大量時間，導致救濟效率不彰。
除此之外，有關應否准予專利之判斷極具高度專業性與技術性，為強化對不服不予專利審定之救濟審議程序，並使專利權之更正及舉發案等之審議程序更為嚴謹，本次修法擬於專利專責機關設置複審及爭議審議會。
擬修法內容
本次公聽會中擬廢除現行再審查制度，另設複審及爭議審議制度，適用於專利權期間之延長申請案、更正案、其他不服專利之相關處分案及舉發案、專利權期間之延長舉發案等，更進一步細分，如為專利申請權人/專利權人與主管機關之間的爭議，例如，不服不予專利審定、專利權期間之延長申請案、更正案、其他不服專利之相關處分案稱之為『複審案』，而涉及舉發相關程序則稱為『爭議案』，無論是複審案或爭議案，皆採取合議審查的方式，以三人或五人合議為原則，並導入言詞審議程序，以強化程序嚴謹性，複審案之審議，原則上為書面審議，例外為言詞審議，而爭議案之審議，原則上為言詞審議，例外為書面審議，對審議決定如有不服者，得逕提訴訟，免經訴願程序，以提升行政救濟之效能。
以下為擬新增的專利法第六十六條之一：
『專利專責機關為審議複審案及爭議案，應設複審及爭議審議會。
下列各款為發明專利複審案：
一、不服不予專利審定之核駁複審案。
二、發明專利權期間之延長申請案。
三、更正案。
四、不服其他有關專利申請及其他程序處分之複審案。
下列各款為發明專利爭議案：
一、發明專利權之舉發案。
二、發明專利權期間之延長舉發案。
第一項複審及爭議審議會之設置要點，由專利專責機關報請主管機關核定後發布之。』
由於應否准予專利之判斷極具高度專業性與技術性，因此另擬定第六十六條之二：
『發明專利複審案及爭議案之審議，專利專責機關應指定專利審查人員或具法律專長人員三名或五名為審議人員合議之，並指定其中一人為審議長，負責綜理審議事務。但本法另有規定者，不在此限。
前項具法律專長人員應迴避之情事，準用第十六條規定。
前條第二項第一款之審議，曾審定該申請案者，應予迴避。』
結語
本次擬修正之專利法，有部分申請人會認為，若在申請複審階段未經修正將會使答辯機會減少，可能造成意見無法充分表達。由於現階段的審查實務至訴願前的審查過程，申請人與主管機關間約有三次答辯的機會，但經刪除再審及訴願制度並合併為專利核駁複審案，申請人提出複審時若未一併提出修正，則最少僅有兩次的答辯機會，確實使答辯機會減少，造成前述的問題。
另外有申請人認為若通過修法，不僅能夠解決目前實務上訴願程序淪為虛設的問題，更能夠透過設立審議會而讓具備專利相關知識的審查人員或具法律專長的人員進行審理，讓案件能夠在審議會層級得到實質審查的效益，若申請人不服複審決定則可逕提訴訟，免除訴願程序，藉此大幅提升行政救濟之效能。
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